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        不殺死細胞就能了解它的“前世今生”,深圳科學家成功實現活細胞轉錄組測序

        2022-08-18 15:20 來源:大洋網

        在我們呱呱墜地之前,受精卵是如何發育成復雜個體的?為何正常的細胞會慢慢變成癌細胞?

        細胞是生命的基本單位,了解它的過去、現在和未來不僅有助于我們了解正常發育的過程,也對理解疾病的產生和發展至關重要。然而,想要“看清”細胞的“前世今生”仍然存在顯著的技術困難。

        8月17日,現任中國科學院深圳先進技術研究院合成生物學研究所研究員(原瑞士洛桑聯邦理工學院博士后)陳萬澤以共同第一作者身份在國際頂級期刊Nature上發表長文,介紹了研究團隊在國際首創的活細胞轉錄組測序技術(Live-seq),該技術首次讓單細胞進行轉錄測序后,依然能保持細胞存活,首次實現了活細胞全基因表達的連續觀測。

        “該研究實現了使用Live-seq技術對同一個活細胞多次分離部分細胞質進行多次轉錄組測序的可行性,表明這一技術有望在將來用于構建單個活細胞的轉錄組系列變化動態。該研究為單細胞轉錄組測序提供了全新的研究策略,為我們理解生命過程的動態變化提供了強有力的手段,是這一領域的又一重大突破。” 北京大學生命科學學院教授湯富酬評論道。

        不殺死細胞就能測序

        人類體內的細胞擁有幾乎一樣的基因組,但是為什么能夠產生多種多樣的細胞?基因組中數萬個的基因表達與否和高低,很大程度上決定了細胞的種類和功能,比如神經細胞、免疫細胞、各種腫瘤細胞等等。

        因此,如果知道細胞不同時間的基因表達的變化,就能夠了解細胞的過去、現在和未來。

        當前,單細胞轉錄組測序技術是了解細胞狀態的重要手段,就像看一張“高清照片”,通過單細胞測序能夠看清細胞現在所有基因的表達狀態。但是這些技術在理解細胞狀態“電影”般的動態變化上卻有很大的挑戰。

        “利用單細胞轉錄組測序技術來觀測細胞狀態的前提,是需要將細胞裂解,提取其中的RNA來測定每個基因表達量的高低,但這樣就不能避免地殺死了細胞。”陳萬澤說道,“使用單細胞測序技術,也只能了解到一個細胞當下的狀態,卻不能獲得它的過去,也無法知曉它將來的功能。”

        通過近七年的努力,陳萬澤與合作者開發了活細胞轉錄組測序技術Live-seq,其核心是通過對活細胞中的部分細胞質進行微創提取,并對極其微量的細胞質RNA進行擴增,實現在進行單細胞轉錄組測序后,依舊保持細胞的存活和功能,從而可以跟蹤細胞的動態變化。

        論文通訊作者、瑞士洛桑聯邦理工學院教授Bart Deplancke表示,該技術兼具全基因表達分辨率和動態解析能力,是目前對單細胞轉錄組直接動態測量、偶聯細胞現有狀態和其后續表型的唯一解決方案。

        兩次碰壁,終于“釣”出RNA

        如何在不殺死細胞的前提下,看到細胞的動態變化?

        “我們首先想到的是外泌體,它是細胞向外面吐出來的小泡,里面有蛋白、RNA等物質。如果我們把單個細胞的外泌體都收集起來,再對其中的RNA進行測量,或許就可以在一定程度上反映細胞狀態而又不殺死細胞。”陳萬澤說道。

        單個細胞中僅有10 pg(皮克)的RNA,這相當于一克的一千億分之一的重量,而細胞分泌的外泌體中的RNA更是少之又少。研究團隊一開始根本無法實現單細胞分子水平的觀測。

        隨后,陳萬澤嘗試利用在生命科學領域非常小眾的原子力顯微鏡,它有一個很尖的硅探針,多用來檢測物質表面性質。研究團隊通過對探針進行表面活化、修飾、洗脫等改造后,讓其能夠把細胞中的RNA“釣”出來。

        “這種探針很細,對細胞的損傷很小,就像‘魚鉤’一樣,改造后可以把細胞中的RNA‘釣’出來,又能保證細胞繼續存活。我們改造了數十個探針后,結果只在兩個細胞上成功“釣”到了基因。”陳萬澤回憶道,當時購買一個原子力顯微鏡探針需要800美元,研究成本太高,成功率太低,讓這項研究再次面臨阻礙。

        在一次偶然的學術交流中,陳萬澤與導師了解到,瑞士蘇黎世聯邦理工學院的Julia Vorholt實驗室開發了一種特殊的原子力顯微鏡,能夠吸出一部分的細胞質。一番交流后,兩個課題組一拍即合,展開了聯合攻關。聯合團隊利用重新改造后的Live-seq,對五種類型共295個細胞進行了測序,發現Live-seq能夠有效區分不同類型的細胞,且平均每個細胞能檢測到約4112個基因的表達信息。

        細胞測序史從“高清圖片”到“高清電影”的跨越

        如果將利用單細胞轉錄組測序技術觀測細胞比喻為看一張細胞在分子水平的高清圖片,那么利用Live-seq觀測細胞,就好比看一部高清電影,能夠看見細胞的“前世今生”。

        “Live-seq可以回答細胞怎樣的過去決定了它的現在,不只知道細胞中為何存在差異,還知道這些差異從何而來。”陳萬澤介紹道。

        陳萬澤表示,盡管Live-seq仍然存在諸多挑戰,需要進一步完善,比如低通量、暫不能在體內應用、在高度極化且mRNA分布不均的細胞中無法實現全細胞轉錄組測序、對細胞更多次的采樣還需進一步研究等,但該技術首次實現了活細胞連續觀測,也為單細胞測序技術發展帶來了更多可能性。未來,團隊將進一步進行深入研究,提高Live-seq技術的可用性。

        文、圖/廣州日報·新花城記者王納

        圖片由研究團隊提供

        [ 編輯: 何雯飔 ]
        免責聲明:文中圖片如有版權問題請聯系網站處理,謝謝。
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        全黨必須深刻認識到,黨面臨的執政考驗、改革開放考驗、市場經濟考驗、外部環境考驗將長期存在,精神懈怠危險、能力不足危險、脫離群眾危險、消極腐敗危險將長期存在,全面從嚴治黨永遠在路上,黨的自我革命永遠在路上。
        2022-08-30 08:42
        今天,站立在960萬平方公里的廣袤土地上,吸吮著中華民族漫長奮斗積累的文化養分,擁有14億多中國人民聚合的磅礴之力,我們走中國特色社會主義道路,具有無比廣闊的舞臺,具有無比深厚的歷史底蘊,具有無比強大的前進定力。
        2022-08-30 08:42
        隨著保障措施日益完善,企業應對風險能力不斷增強,外貿必將對經濟增長更好地發揮“穩定器”“調節器”作用。
        2022-08-29 09:36
        投資廣州,創造未來
        世界選擇廣州,廣州擁抱世界。當新一屆投資年會拉開帷幕,讓我們一起在廣州聆聽開放的聲音,與世界共享發展的機遇,堅定信心、凝聚力量、真抓實干,奮力書寫新時代高質量發展新篇章。
        2022-08-29 08:59
        向海而強,正當時!
        廣州作為海上絲綢之路發祥地和改革開放前沿地,更當把握好歷史機遇、乘勢而上,努力建成海洋經濟發達、海洋科技創新活躍、海洋城市文化特色彰顯、海洋治理體系和治理能力現代化的全球海洋中心城市。
        2022-08-26 19:56
        又到畢業季,大學生租房需求激增。受新冠肺炎疫情對傳統租房模式的影響,今年又適逢高校畢業生人數創新高,眾多大學生面臨著租房新挑戰。
        2022-08-26 19:53
        2022年上海體育消費券啟動配送,安排資金約2000萬元;河南發放2022年度總額為600萬元的體育健身優惠券;湖北分兩輪四批次發放1億元“惠動湖北”體育消費券……多地拉動體育消費動作頻頻。
        2022-08-26 19:53
        為高質量推進品牌建設工作,全面提升我國品牌發展總體水平,國家發展改革委、工業和信息化部、農業農村部等七個部門聯合印發《關于新時代推進品牌建設的指導意見》(以下簡稱《指導意見》),其中提出到2035年中國品牌綜合實力進入品牌強國前列。
        2022-08-26 19:53
        很長時間以來,學術界的“圈子文化”一直是學術界很多人都不明說,但都清楚的事情。
        2022-08-26 19:53
        以《指導意見》的出臺為契機,加快品牌建設步伐,相信將有越來越多的中國品牌在國內外市場獲得認可、贏得贊譽,屹立于世界知名品牌之林。
        2022-08-26 09:29
        08:20 白云同和街、京溪街、景泰街今日開展全員核酸篩查
        白云同和街、京溪街、景泰街今日開展全員核酸篩查
        疫情防控,人人有責!根據新冠肺炎疫情防控工作需要,定于2022年8月30日9時起開展同和街、京溪街、景泰街全員核酸篩查工作。 [詳細]
        21:07 廣州又悶又熱好難受?冷空氣有望送上干爽
        廣州又悶又熱好難受?冷空氣有望送上干爽
        今天廣州氣溫沒有昨天高,然而體感溫度一點沒降下來,反而可能更高,這和相對濕度上升不無關系。明后兩天天氣繼續悶熱,9月1日冷空氣接手,廣州轉吹北風,感覺可能會干爽一些。 [詳細]
        19:31 廣州市少年宮2022年第二學期學期班9月2日開課
        廣州市少年宮2022年第二學期學期班9月2日開課
        廣州市少年宮8月28日發布通知稱,廣州市少年宮2022年第二學期學期班將于9月2日(星期五)起陸續開課。逢周五上課的課程,9月2日開課;逢周六上課的課程,9月3日開課;逢周日上課的課程,9月4日開課;逢周三上課的課程,9月7日開課。 [詳細]
        19:29 開學季到來,廣州天河開通兩條定制公交專線
        開學季到來,廣州天河開通兩條定制公交專線
        8月29日,記者了解到,開學季到來,為保障師生便捷出行,廣州一汽巴士三分公司將開通或復行以下兩條如約定制公交專線。 [詳細]
        19:27 小廁所折射大民生!廣州白云啟動“最美公廁”評選
        小廁所折射大民生!廣州白云啟動“最美公廁”評選
        近日,記者從廣州市白云區城市管理和綜合執法局獲悉,白云區“最美公廁”評選工作已經啟動,各鎮街、各行業將對各自管轄的公廁進行自評推薦,再由區“廁所革命”三年提升計劃領導小組辦公室組織進行實地考察、評價,最終評選出10座白云區“最美公廁”,樹立公廁標桿。 [詳細]
        19:24 地鐵13號線將新增出入口!位置在南海神廟站
        地鐵13號線將新增出入口!位置在南海神廟站
        近日,廣州公共資源交易中心發布了《廣州市軌道交通十三號線首期、二十一號線部分車站出入口及零星工程勘察設計服務項目公告簡要》,透露了軌道交通十三號線首期將新增3個出入口、二十一號線將新增2個出入口。 [詳細]
        08:45 穩中求進探一線 | “煩心事”沒了,物流更順暢了
        穩中求進探一線 | “煩心事”沒了,物流更順暢了
        2022年上半年,廣州市完成貨物周轉量9711.18億噸公里,同比增長0.8%,增幅較1月-5月提高0.2個百分點。 [詳細]
        六月天性爱视频